Benteng ini berkaitan dengan fungsi pulau Penyengat pada masa kerajaan Riau – Lingga – Johor – Pahang sebagai pusat pertahanan, khususnya pada masa Yang Dipertuan Muda ke – 4, Raja Haji Fisabilillah.

Pada masa Pemerintahan Raja Haji Fisabilillah tepatnya pada tahun 1782 – 1784 telah terjadi perang Riau diantara Belanda dan kerajaan Riau – Lingga – Johor – Pahang.

Raja Haji kala itu membangun kubu – kubu pertahanan di perairan Riau dan menjadikan Pulau Penyengat sebagai basis pertahanan utama dengan membangun kubu pertahanan di tiga bukit di Pulau Penyengat.

Benteng bukit kursi merupakan benteng terbesar yang terdapat di Pulau Penyengat, disini masih terdapat beberapa meriam di sudut – sudut benteng ini.